Основными задачами Департамента являются:
- обеспечение реализации государственной аграрной политики, разработки и выполнения региональных инновационно-инвестиционных и других программ и прогнозов развития отраслей агропромышленного производства;
- участие в формировании и реализации социальной политики на селе, устойчивого развития регионального агропродовольственного рынка и сельских территорий Харьковской области;
- участие в формировании и обеспечении реализации государственной политики, направленной на развитие агропромышленного комплекса и обеспечение продовольственной безопасности государства;
- организация работы по вопросам земледелия, семеноводства и питомниководства, сортоиспытания и защиты растений, племенного дела, научного и кадрового обеспечения, стандартизации, карантинного режима, охраны труда и техники безопасности, ветеринарной медицины, рыбного, водного, лесного хозяйства (в случае, если земли государственного лесного фонда отнесены к сфере управления агропромышленного комплекса), безопасности пищевых продуктов, охраны прав на сорта растений, сотрудничества с государственной инспекцией сельского хозяйства в Харьковской области.