С 1992 года «Металлист» выступает в национальных турнирах. В высшей лиге чемпионата Украины харьковчане дебютировали в 1992 году, а во втором розыгрыше заняли высокое 5-е место. После трех сезонов выступления в высшей лиге команда покинула группу сильнейших команд страны и вернулась в ее ряды только через четыре года, став призером турнира команд первой лиги в 1998 году. В 9-м и 11-м чемпионатах страны «Металлист» под руководством Михаила Фоменко повторил свой лучший результат - 5 место в высшей лиге.
2002-2004
Выбыв по итогам 12-го чемпионата из высшей лиги, команда в 13-ом чемпионате под руководством тренера Геннадия Литовченко вернула себе прописку в элите украинского футбола.
2005-2006
Грандиозные успехи пришли к команде, когда президентом футбольного клуба «Металлист» стал Александр Владиленович Ярославский.
В 15-ом чемпионате Украины, под руководством одного из лучших тренеров страны Мирона Богдановича Маркевича, «Металлист» снова повторил свое лучшее достижение, заняв 5-е место по его итогам.
2007
В сезоне 2006/07 «Металлист» добился своего лучшего показателя в истории чемпионатов Украины - занял третье место и завоевал право выступать в Кубке УЕФА. При этом команда установила сразу несколько клубных рекордов: финишировала на 3-м месте по итогам первого круга, заняла первое место по итогам второго круга, провела одиннадцать матчей подряд без поражений (10 побед и 1 ничья), а голкипер Александр Горяинов отстоял на «ноль» 18 игр чемпионата!
2008
В следующем сезоне достигнутый подопечными Мирона Маркевича был повторен. Бронзовые медали призеров БИОЛА-Чемпионата Украины по футболу получили футболисты: А. Горяинов, В. Лазаревски, А. Бабич, С. Ганцарчик, С. Валяев, А. Эдмар, В. Слюсар, А. Тришович, Х. Мадуфи, М. Обрадович, Р. Фомин, А. Рыкун, В. Зезе, Папа Гуйе, М. Девич, В. Бордиян, Дж. Коэльо, А. Поступаленко, С. Давыдов, С. Барилко, П. Ребенок, А. Диденко.
Марко Девич с 19 забитыми за сезон мячами обновил рекорд Юрия Тарасова и стал лучшим бомбардиром не только клуба, но всего чемпионата. Александр Рыкун стал лучшим ассистентом, а Александр Горяинов - рекордсменом по количеству матчей на «ноль».
2009
Сезон 2008/09 стал самым успешным в истории клуба. Команда «Металлист» в третий раз подряд завоевала бронзовые медали, что является рекордом национальных чемпионатов. Кроме того, подопечные Мирона Маркевича показали себя в лучшем свете футбольной Европе. На групповой стадии розыгрыша Кубка УЕФА харьковчане уверенно заняли первое место, не пропустив в свои ворота ни одного мяча и оставив позади себя такие известные клубы, как «Герта» (Германия), «Галатасарай» (Турция), «Олимпиакос» (Греция) и «Бенфика» (Португалия). В 1/16 финала по результатам двух матчей была обыграна итальянская «Сампдория» (1:0, 2:0).
2010
"Металлист" в четвертом сезоне подряд завоевал бронзовые медали и обновил рекорд национальных чемпионатов по этому показателю, поставленный сезоном ранее. Осенняя еврокубковая кампания "Металлиста" в Лиге Европы-2010/2011 также прошла успешно. Преодолев групповой этап и заняв второе место в компании таких коллективов, как голландский ПСВ, итальянская "Сампдория" и венгерский "Дебрецен", харьковский клуб вышел в раунд плей-офф.
2011
"Металлист" завоевал пятую подряд "бронзу" национального чемпионата. По количеству медалей такого достоинства равных на сегодня главному тренеру клуба Мирону Маркевичу в Украине нет, ведь 6 раз выводить команды на третье место еще ни одному наставнику отечественных команд не доводилось.
В сезоне-2011/2012 "Металлист" продолжил погоню за двумя лидерами, отобрав у них очки в гостях: с киевским "Динамо" харьковчане сыграли вничью (1:1), а донецкий "Шахтер" обыграли (2:1). Снова удачно провел "Металлист" еврокубковую осень в Лиге Европы. Сначала он без проблем преодолел сопротивление французского "Сошо" в раунде плей-офф, а затем в группе G в борьбе с голландским "АЗ", шведским "Мальме" и австрийской "Аустрией" занял первое место с 6-очковым отрывом от второго места и досрочно, за тур до окончания, обеспечил себе победу в группе и выход в стадию плей-офф. 8 подряд беспроигрышных матчей – это клубный рекорд за всю историю игр "Металлиста" в еврокубках.
2012
"Металлист" стал шестикратным бронзовым призером чемпионата Украины. На европейской арене харьковчане прошли групповой этап, а на стадии плей-офф минимально проиграли представителю английской Премьер-лиги ФК "Ньюкасл" (первый матч 0:0, ответный 0:1). В декабре 2012 года, новым президентом клуба стал харьковчанин Сергей Курченко.
