Музей археологии при Харьковском национальном университете имени В. Н. Каразина является владельцем старейших фондов не только в Харьковском регионе.
Свою историю он ведет с 1807 года, когда при университете был создан кабинет редкостей. В том же году в него поступили артефакты и другие предметы старины, привезенные из Ольвии и Воронежской губернии. Примерно в то же время доктор Ландбадом пожертвовал этнографическую коллекцию, собранную им во время первой русской кругосветной экспедиции в 1803–1806 годах под руководством И. Ф. Крузенштерна.
В 1837 году при Харьковском университете был создан Музей изящных искусств и древностей, куда были переданы коллекции различных кабинетов.
В ходе подготовки и проведения в Харькове ХІІ Археологического съезда (1902 год) на территории края были развернуты масштабные исследования. Раскопки проводили в это время как харьковчане (Д. И. Багалей, В. А. Бабенко), так и иногородние. Находки этих экспедиций, а также древности из частных коллекций были представлены на выставке ХІІ Археологического съезда. Большая часть этих предметов поступила в Музей изящных искусств и древностей. Эта коллекция и артефакты из раскопок археологов Харьковского университета последующих лет, послужили основой созданного при университете в 1919 году Археологического музея. С момента создания и до 1936 года директором музея был А. С. Федоровский, один из ведущих украинских археологов 1920–1930-х годов ХХ века.
В 1920 году, в связи с ликвидацией Харьковского университета, Археологический музей получил статус городского.
В 1933 году, с восстановлением Харьковского университета, Археологический музей вошел в состав исторического факультета. В результате проведения планомерных археологических разведок и раскопок харьковскими исследователями в 20–30-х годах, коллекция Археологического музея выросла почти до 200 тысяч экспонатов. В музее хранилась и нумизматическая коллекция, насчитывающая около 40 000 монет и медалей.
В музее образовались одни из самых крупных в стране и за ее пределами коллекции предметов бронзового века, скифской эпохи, античного времени, черняховской и салтовской культур.
В 1998 году музей получил название — Музей археологии и этнографии Слободской Украины Харьковского национального университета имени В. Н. Каразина.
С 2012 года начинается создание новой, постоянной экспозиции, расположенной в современном Выставочном зале в Главном корпусе университета.
В 2015 году приказом ректора Музей археологии и этнографии Слободской Украины переименован в Музей археологии ХНУ имени В. Н. Каразина. 20 ноября 2015 года был торжественно открыт новый Выставочный зал музея. Новое помещение Музея имеет просторные модули для размещения Временных выставок, современное фондохранилище и Золотую кладовую для хранения особо ценных находок.
